Pada zaman dahulu Desa Jembayan Dalam ini hanya sebuah kampung yang terpencil dan di penuhi oleh hutan-hutan yang sangat rindang dengan kemajuan zaman dan banyaknya pendatang yang memasuki wilayah ini sehingga jumlah penduduk yang makin banyak, maka terbukalah perkampungan ini dengan 2 Dusun yaitu Dusun Lembonang dan Dusun Lebaho Lais yang mana antara kedua Dusun ini sangat berdekatan, dan pada masa tersebut maka kedua dusun ini bergabung dengan Desa Jembayan Induk yang mana Desa tersebut telah terbentuk terlebih dahulu.
Dengan jumlah masyarakat yang banyak berkembang dari Desa Jembayan Induk dan karena dari tahun ke tahun dengan jumlah penduduk yang makin padat dan dengan inspirasi dari tokoh-tokoh masyarakat maka terbentuklah Desa Jembayan Dalam pada tahun 2006 yang meliputi dari Dusun Lembonang dan Dusun Lebaho Lais. Desa Jembayan ini dahulu berpenduduk sekitar 800 jiwa dengan luas 4301 Ha sebagian besar suku Kutai, Jawa, Bugis, Banjar, Madura dan lain-lain.
Demikian juga dengan Suku Kutai ini masih ada sebagian dari Suku Kutai Kartanegara yang bertahan hidup dengan mengandalkan usaha bertani, nelayan tradisional dengan penghasilan hanya untuk memenuhi dan mencukupi kebutuhan keluarga, harapan putra-putri banyak tidak tercapai karena tingkat pendidikan yang terbatas sampai tingkat SD atau SLTP sehingga ekonomi,pendidikan dan kesehatan juga ikut terpuruk oleh keadaan.
Menurut sumber yang di himpun dari tokoh masyarakat dan Lamanya Desa Jembayan Dalam setelah di mekarkan dari Desa Jembayan, Desa Jembayan Dalam sudah mengalami pergantian Kepala Desa sebanyak 5 kali, adapun urutannya adalah sebagai berikut:
- Noor Fazri (2006-2007)
- Rizal (2007-2008)
- Yunus (2008-2014)
- Yusni (2014-2016)
- Yunus (2016-2022)
- Rusmiadi (2022- sekarang)